上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了...

因为童年的阴影而引起的恐怖事件屡见不鲜。这次，曾获得普利策文学奖的著名作家本杰明•密尔斯（罗伯•劳RobLowe饰）因为童年的一件事情，回到了家乡耶路撒冷镇进行调查。童年记忆中的玛斯坦大宅依然诡..eee...